根據(jù)工作職責，國務院臺灣事務辦公室設11個職能局和機關黨委，分別是:秘書局(人事局)、綜合局、研究局、新聞局、經(jīng)濟局、港澳涉臺事務局、交流局、聯(lián)絡局、法規(guī)局、投訴協(xié)調(diào)局、政黨局,機關黨委。

    1、秘書局負責協(xié)調(diào)機關日常工作；承辦文電、秘書、會議、來信來訪、保密、通信、信息工作；負責檔案、報刊、圖書、資料工作及后勤管理等工作。

    人事局負責機關人員的考核、任免、調(diào)配、勞資和所屬事業(yè)單位的機構、人員編制工作；組織指導本辦及全國對臺工作系統(tǒng)干部的培訓、教育工作。

    2、綜合局負責承辦海峽兩岸關系協(xié)會的日常工作；協(xié)調(diào)有關部門處理涉臺的突發(fā)事件等有關問題；管理臺屬及臺胞捐贈工作。

    3、研究局負責研究臺灣局勢和兩岸關系形勢，提出形勢報告和工作建議，指導并協(xié)調(diào)中央和地方有關部門的對臺調(diào)研工作。

    4、新聞局負責協(xié)調(diào)對臺新聞宣傳工作,承辦涉臺新聞發(fā)布的具體工作;協(xié)同有關部門對干部、群眾進行中央對臺方針政策的宣傳教育。

    5、經(jīng)濟局負責協(xié)調(diào)和指導對臺經(jīng)濟工作；做好對臺資企業(yè)的相關管理與服務工作；負責受理臺資企業(yè)的經(jīng)濟糾紛并提供服務。

    6、港澳涉臺事務局負責協(xié)同有關部門處理香港特別行政區(qū)、澳門特別行政區(qū)涉臺工作中有關事務。

    7、交流局負責審批并管理和協(xié)調(diào)兩岸文化、影視、學術、教育、衛(wèi)生、體育、民族、出版、宗教等交流事宜；負責大陸人員因私赴臺管理工作。

    8、法規(guī)局負責研究擬定對臺法律政策，會同有關部門草擬法律規(guī)范，指導和協(xié)調(diào)涉臺法律事務工作。

    9、投訴協(xié)調(diào)局負責處理臺商重大投訴案件和臺胞、臺屬來信來訪工作。

    10、政黨局負責開展對臺灣政黨、政治團體的研究；承辦黨際交流平臺相關事宜；協(xié)調(diào)、指導與臺灣主要政黨和重要政治團體的交流。

    11、機關黨委負責機關黨的思想、組織、作風建設和紀律檢查工作，領導機關精神文明建設，以及工、青、婦等工作。