清華大學(xué)臺(tái)灣研究所于2000年10月25日正式成立。該研究所是為適應(yīng)海峽兩岸經(jīng)濟(jì)關(guān)系迅速發(fā)展的新形勢(shì)而設(shè)立的，將以臺(tái)灣經(jīng)濟(jì)、兩岸經(jīng)濟(jì)關(guān)系和兩岸產(chǎn)業(yè)交流與合作為研究重點(diǎn)。
　　研究所下設(shè)臺(tái)灣經(jīng)濟(jì)和兩岸經(jīng)濟(jì)關(guān)系研究室、兩岸產(chǎn)業(yè)合作發(fā)展研究中心、綜合研究室３個(gè)部門，并在2001年4月29日與中盈國(guó)際網(wǎng)絡(luò)公司共同建設(shè)了“海峽兩岸經(jīng)濟(jì)網(wǎng)”（www.hellotaiwan.org.cn/index.asp），為兩岸企業(yè)和研究部門提供信息服務(wù)。研究所憑借清華大學(xué)理、工、文、法多學(xué)科的綜合優(yōu)勢(shì)，以及聘請(qǐng)兼職教授、顧問(wèn)教授、特邀研究員等方式，開展教學(xué)、科研及交流活動(dòng)。
　　研究所所長(zhǎng)由現(xiàn)任海協(xié)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)劉震濤擔(dān)任，清大教授寇廷耀任常務(wù)副所長(zhǎng)。